Kdo chce s vlky býti, musí s nimi výti. Bash skripty pro účely onkogenetiky

Než jsem si našel druhý džob v bioinformatice, Linux jsem nepotřeboval vůbec. Jednoduché věci v R a Python se bez toho obejdou a v základních kurzech vám k užitečnosti Linuxu obvykle nic neřeknou. Úplně první srážka s realitou přišla, když jsem se snažil zprovoznit nástroj jménem DeepTMHMM lokálně, protože přes webovou aplikaci tam byla značná omezení. Díky tomuto blízkému setkání třetího druhu jsem pak na pohovorech mohl pravdivě odpovědět, že mám s Linuxem nějaké zkušenosti :), ale ty reálné přišly až při práci s Next Genome Sequencing daty a analýzou specifických problematických genových lokusů pomocí rozličných nástrojů.

Special thanks to Colt Steele.